脊椎動物の場合、死後に水流で流されるなどの原因で骨格がバラバラになってしまうことが多いので、その化石は断片的なものであることがほとんどです。
しかし、2006年の調査で得られた化石は関節でつながった状態の後ろ足など、相当な量の骨が保存されていました。このことは、残りの骨もバラバラにならずにすぐ近くに存在する可能性が高いことを示しています。とは言え、それを確認するには硬い岩盤を大きく崩さなければならず、人力では不可能です。
そこで、重機を使っての本格的な発掘調査を行うことになりました。
発掘調査は2010年の12月から始まったのですが、現場が山奥の谷ですので、まずは重機が入れるような作業道を作らなければなりませんでした。その後は調査したい岩盤を覆っている土砂の除去作業です。こういった下準備が終わって本格的な発掘調査に入れたのは12月下旬になってからのことでした。作業道の整備作業
大型脊椎動物化石の発掘では、現場で骨化石の形や並び方などがある程度わかる状態までクリーニング※を行ってから石膏を浸した布で表面を覆って保護し取り出すという方法が一般的です。
しかし、今回の発掘現場の岩盤は非常に硬い上に化石とその周りの石が頑固にくっついていました。石が割れるときは決まって化石も割れて断面が現れるという状況で、現場でのクリーニングは不可能でした。そこで、以下のような手順で発掘を行いました。
※ 化石を覆っている余分な石を取り除く作業のこと。詳しくは「化石のクリーニング」のページを参照のこと。

当初は「もし、何も見つからなければどうしよう？」という不安が少なからずあったのですが、その心配は不要でした。むしろ次から次へと見つかる骨化石をどうやって壊さずに取り出すかという悩みの方が大きくなっていきました。幸いだったのは、化石を含む層準のところで地層面に沿った割れ目ができていたことで、うまい具合に地層面を露出させることができました。あとは化石が含まれている3×1×0.5 ｍほどの岩を切り出してそのまま持ち帰ることができれば話は早かったのですが、そうはうまくいきませんでした。岩盤は非常に硬い上に無数の不規則な割れ目が発達していて思うようには割れず、大小の破片へと分裂してしまったのです。後で組み立てることができるようにと思い、石が割れるたびに通し番号を付けていったのですが、各断面に付けた番号は400を超えました。
岩盤は基本的に硬かったのですが、部分的に非常に脆くなっていることがあり、番号を付ける間もなくバラバラになってしまうこともありました。特に困ったのが化石の部分は脆いのに周りの石は硬いというパターンです。岩盤を割るには硬い石を重機で叩かなければなりませんが、叩けば振動で化石が壊れていく。これは大変なジレンマでした。こういう場合は瞬間接着剤で補強をしながら作業を進めたのですが、うまくいかずに化石の一部が粉々になってしまったこともありました。

通し番号　スポンジ状の部分は骨化石の断面粉々になった化石